Cozumel, durante la época prehispánica, era un importante santuario maya, en concreto un santuario dedicado a Ixchel, la diosa de la fertilidad del pueblo maya. Cozumel pertenecía a la región de Ecab, y su importancia radicaba en su templo maya, motivo por el cual era un incesante ir y venir de peregrinos los que hasta aquí venían a pedir a la diosa Ixchel.
En 1518 los españoles, comandados por Juan de Grijalva llegaron a la isla y en ella comenzó el denominado periodo hispánico. Hasta ese momento, Cozumel estaba viviendo su máximo periodo de esplendor y su máximo apogeo.
Tras la llegada de los españoles, ya en el Siglo XVI, la isla creció en población, fruto en muchos casos de matrimonios mestizos entre españoles e indígenas, si bien los mayas nunca dejaron de defenderse ante esta invasión. También Cozumel sufrió otro tipo de invasiones, una isla en el Caribe, como no puede ser de otra forma, sirvió de refugio a piratas durante los siglos XVI, XVII y XVIII sobretodo. No en vano, se dice que el famoso pirata inglés Henry Morgan se escondió en esta isla muchas veces.
